Фильм рассказывают нам о еще совсем молодом пилоте по имени Хикару Ичидзе, его возлюбленной из Макросс-сериала Мисе Хаясе и популярной певице Линн Минмэй. История развивается на фоне страшной войны между простыми людьми и великанами-мужчинами, они называются Зентради. Зентради имеют космический флот, в состав которого входят миллионы кораблей. Также существуют великаны-женщины - Мельтанди. Они конечно же являются врагами Зентради.
В ходе военных действий убивается всё живое на Земле, уничтожают практически всех её жителей. В живых чудом остаются только экипаж Макросса и его люди. Миса и Хикару в итоге оказываются на разрушенной войной Земле. Там они обнаруживают крепость «Протокультуры» и подают знак Макроссу.
